В 1999 году, по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, в городе Нефтеюганске была открыта НОУ «Нефтеюганская православная гимназия», в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона. Духовником гимназии стал протоиерей Николай Матвийчук, настоятель Прихода храма Святого Духа.
Директором гимназии, по благословению отца Николая, была назначена педагог - Моисеева Мария Кузьминична.
В гимназию пришли работать учителя: Костреба Елена Дмитриевна, Коробейникова Нина Степановна, Конькова Любовь Александровна, Цыбина Александра Васильевна, Малькова Нина Сергеевна, Первухина Тамара Дмитриевна, Толстогузова Евгения Леонидовна, Мелешкина Галина Михайловна, Ершов Евгений Леонидович, Селиванова Лилия Ивановна. Первыми гимназистами стали 34 учащихся начальной школы. Занятия в гимназии начались 10 сентября 1999 года.
Первое полугодие занятия 1- го класса проходили в начальной школе № 5, а 2-й, 3-й и 4-й классы занимались в трех вагончиках, на территории храма Святого великомученика и целителя Пантелеимона. Основным отличием гимназии от обычной школы стало наличие дополнительных предметов:
Закон Божий, церковное пение, церковно-славянский язык, история церкви, литургика и ежедневная утренняя молитва.
С 1999 года гимназисты участвуют в праздничных Рождественских и Пасхальных мероприятиях, проводимых Приходом храма Святого Духа для жителей нашего города. Целью образовательно-воспитательной деятельности гимназии является создание духовно-нравственного пространства для развития личности и формирования у учащихся целостного мировоззрения на основе устойчивой системы ценностей православия. Приоритетным является формирование у гимназистов нравственных чувств, нравственного поведения, нравственной жизненной позиции, нравственного облика.
В январе 2000 года гимназия переехала в отремонтированное здание, бывшего детского сада «Незабудка», в 4 микрорайоне нашего города.
В 2001 году, по просьбам родителей, в гимназии был организован летний детский лагерь «Родник», для детей начальных классов и будущих первоклассников гимназии.
В 2001 и 2002 годах, на Всероссийском фестивале-конкурсе детских творческих коллективов «Пасха Красная», в городе Москве, коллективы учащихся гимназии и Воскресной школы нашего Прихода стали Лауреатами фестиваля.
В 2002 году, по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, была разработана, утверждена и пошита единая и обязательная форма для гимназистов.
С 2004 года учащиеся гимназии принимают участие в фестивале «Духовная песнь Православной Сибири» в Тобольске и всероссийском фестивале военно-патриотической песни «Димитриевская суббота». Моисеева Мария Кузьминична (+ 2005 год.) – директор гимназии с 1999 года по октябрь 2005 года, за свой труд была награждена медалью Святого Благоверного князя Даниила Московского.
В 2006 году состоялся первый выпуск учащихся 11 класса. В том же году гимназия успешно прошла аттестацию и получила государственную аккредитацию.
В 2005 году, по представлению протоиерея Николая и благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, директором Нефтеюганской православной гимназии был назначен Андрей Иванович Быкасов – учитель математики в гимназии с 2000 года В 2011 году был подтвержден статус гимназии и получены: бессрочная лицензия на право проведения образовательной деятельности и свидетельство аккредитации на 12 лет.
В 2013 году епископом Ханты-Мансийским и Сургутским Павлом, в 16 микрорайоне нашего города было освящено место, предполагаемого строительства нового здания Нефтеюганской православной гимназии и установлен Поклонный крест. В настоящее время обучение в православной гимназии ведется в две смены с 1 по 11 классы.
В гимназии имеется: библиотека, актовый зал, полностью укомплектованный компьютерный кабинет, трапезная, зал для спортивных занятий.
С 2003 года учащиеся гимназии принимают участие в ежегодном детско-юношеском региональном фестивале «Пасха Красная».
Согласно Уставу православной гимназии:
прием учащихся, проводится на конкурсной основе;
учащиеся и их родители, в обязательном порядке, должны посещать воскресные и праздничные Богослужения в храме, регулярно исповедоваться и причащаться Святых Христовых Тайн;
родители обязаны принимать непосредственное участие в жизни гимназии и всего Прихода.
Внеурочная деятельность в гимназии представлена хоровым отделением при городской музыкальной школе имени В.В. Андреева. Кружками: духовной песни, русского народного танца, драматического искусства, рукоделия, прикладного искусства, кройки и шитья, лыжного спорта.
В гимназии открыт филиал детской музыкальной школы, в которой преподавание ведут квалифицированные педагоги городской музыкальной школы №1.
Учащиеся гимназии – активные участники и неоднократные победители, и призеры предметных, научно-исследовательских, спортивных, вокально-хоровых, танцевальных конкурсов городского, регионального и всероссийского уровней.
В 2005 году в православной гимназии прошла первая олимпиада по Закону Божию.
В учебный план гимназии, со 2-го по 9-й классы, включен предмет «Основы православной культуры». Значимым достижением деятельности Нефтеюганской православной гимназии является ежегодное высокое качество единого государственного экзамена и наличие выпускников, награжденных золотыми и серебряными медалями «За особые успехи в учении».
Около 80% всех выпускников гимназии обучаются на бюджетной основе в высших и средне - специальных учебных заведениях России. 4 выпускника гимназии закончили Тобольскую духовную семинарию и являются священнослужителями, 2 выпускника гимназии – студенты этой семинарии. Начальная школа гимназии работает по системе развивающего обучения Л.В. Занкова.
На ступени основного и среднего образования реализуются общеобразовательные программы с дополнительным изучением предметов гуманитарного цикла.